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INSTALACIÓN DE MEME SUITE EN Mac OS X

Descargar Opal http://sourceforge.net/projects/opaltoolkit/files/

Descomprimirlo en la carpeta de instalación, en este caso /opt y renombralo a solo “opal”

tar -xvzf opal-ws-2.3.1.tar.gz

Descargar Tomcat 5.5.31 http://tomcat.apache.org/

Descomprimirlo en la carpeta de instalación, en este caso /Library y renombralo a Tomcat

Crear la variable de entorno del Tomcat

export CATALINA_HOME=/Library/Tomcat

Iniciar Tomcat

$CATALINA_HOME/bin/startup.sh

Modificar el build.properties en la carpeta /opt/opal indicando la dirección del Tomcat

Descargar y descomprimir el meme http://meme.nbcr.net/downloads/

tar -xvzf meme_VERSION.tar.gz

Crear la carpeta de instalación del meme, en este caso/opt/meme

cd meme_VERSION
bq. ./configure —prefix=/opt/meme —enable-web=http://pijao.cenicafe.org:8080/opal/services —enable-webservice=/opt/opal/build.xml —with-url=http://pijao.cenicafe.org:8080/meme —with-webdir=/Library/Tomcat/webapps/meme
bq. make
bq. make install

Crear el archivo $CATALINA_HOME/conf/Catalina/localhost/meme.xml con el siguiente contenido

;

Modificar el archivo $CATALINA_HOME/conf/web.xml, descomentando el bloque de código justo debajo de “Common Gateway Includes (CGI) processing servlet, which supports…”. Estableciendo param-value a cgi-bin.

Adicionalmente, descomentar el bloque de codigo justo debajo de “The mapping for the CGI Gateway servlet”.

Renombrar $CATALINA_HOME/server/lib/servlets-cgi.renametojar a $CATALINA_HOME/server/lib/servlets-cgi.jar.

Reiniciar el Tomcat

$CATALINA_HOME/bin/shutdown.sh
bq. $CATALINA_HOME/bin/startup.sh

Uso del meme

export PATH=/opt/meme/bin:$PATH

Instalación de las bases de datos de secuencias

Descargar RSATWS y exportar la variable

export RSATWS=/opt/RSATWS/

Ingresar a etc en la carpeta de instalación del meme

cd /opt/meme/etc
bq. get_db_csv -db GENBANK -class Bacteria > db_genbank_bacteria.csv
bq. get_db_csv -db GENBANK -class Fungi > db_genbank_fungi.csv
bq. get_db_csv -db GENBANK -class A_thaliana > db_genbank_a_thaliana.csv
bq. get_db_csv -db GENBANK -class Eukaryotes > db_genbank_eukaryotes.csv
bq. get_db_csv -db ENSEMBL > db_ensembl.csv
bq. get_db_csv -db ENSEMBL_ABINITIO > db_ensembl_abinitio.csv
bq. get_db_csv -db UPSTREAM > db_upstream.csv
bq. cat db_genbank_a_thaliana.csv db_genbank_eukaryotes.csv db_ensembl.csv db_ensembl_abinitio.csv
bq. db_genbank_fungi.csv db_genbank_bacteria.csv db_upstream.csv > fasta_db.csv
bq. make install (en la carpeta del meme)

Instalar las bases de datos del gomo y motif

Descargar y descomprimir http://meme.nbcr.net/downloads/databases/

Copiar el archivo /opt/gomo_databases/gomo_db.csv a /opt/meme/etc/
Copiar el archivo/opt/motiv_databases/motif_db.csv a/opt/meme/etc/

Cambiar en el archivo /opt/meme/etc/motif_db.csv la linea:
bq. transfac,transfac_matrix.meme… por #transfac,transfac_matrix.meme…

Crear un link simbólico a la carpeta /opt/meme/db

ln -s /opt/gomo_databases .
bq. ln -s /opt/motif_databases .
bq. ln -s /opt/RSATWS /opt/meme/lib/perl/RSATWS
bq. make install en el directorio desde donde se instaló el meme

update_db > dblog.txt
bq. update_db -upstream > dblog.txt
bq. update_db -upstream -noclobber > dblog.txt

Mas información en http://meme.nbcr.net/meme4_4_0/doc/meme-install.html