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INSTALACIÓN INTERPROSCAN

Requerimientos: 40 Gb de disco duro

1. Se descargan los siguientes archivos de sitio: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan

RELEASE/latest/iprscan-v[última versión disponible].tar.gz BIN/4.X/iprscan_bin4.x_[Plataforma].tar.gz BIN/4.5/[Plataforma]/FingerPRINTScan DATA/iprscan_PTHR_DATA_[última versión].tar.gz (latest_pthr) DATA/iprscan_MATCH_DATA_[última versión].tar.gz (latest_match)

2. Se descomprimen estos archivos en la carpeta donde se desea instalar el InterProScan (Ej: /opt/iprscan) con el siguiente comando:

tar -xvzf [nombre del archivo].tar.gz

3. En la carpeta de instalación se ejecuta el archivo config.pl: ./config.pl el cual se configura de la siguiente manera:
Reconfigure everything? (first time install) [y] /(y|n)/? : y
Do you want to set paths to perl and the installation directory? [y] /y|n/? : y
Please enter the full path for the InterProScan installation [/opt/iprscan] /.+/? : enter
Do you want to set another Perl command in place of [/usr/bin/perl]? [n] /y|n/? : enter *En este punto puede mostrar un error por falta de paquetes, los cuales pueden ser descargados de www.cpan.org, se ejecuta su respectivo .pl, luego se ejecuta el comando make y por último make install.

Do you want to setup chunk size [y] /(y|n)/? : y Enter chunk size [10] /[0-9]+/? : 50 Do you want to configure this? [y] /(y|n)/? : y (Número máximo en secuencias de entrada, tamaño de las secuencias, etc) Enter the maximum number of input protein sequences allowed [1000] /\d+/? : 10000 Enter the maximum number of input nucleic sequences allowed [100] /\d+/? : 8000 Enter the maximum length (in nucleic acids) for a nucleotide sequence [10000] /\d+/? : 10000 Enter the minimum length (in amino acids) for a protein sequence [5] /\d+/? : 5 Enter the minimum allowed length of a translated orf [50] /\d+/? : 50 Enter the default codon table value to use to translate dna/rna in six frames [0] /\d+/? : 0 Do you want to setup applications (if you don’t, no applications will be included in InterProScan by default)? [y] /(y|n)/? : enter Do you wish to use a queue system? [n] /(y|n)/? : enter Do you want to use blastprodom ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use coils ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use gene3d ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use hamap ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use hmmpanther ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use hmmpir ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use hmmpfam ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use hmmsmart ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use hmmtigr ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use fprintscan ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use patternscan ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use profilescan ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use superfamily ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use seg ? [y] /(y|n)/? : enter Do you want to use signalp ? [n] /(y|n)/? : y Do you want to use tmhmm ? [n] /(y|n)/? : enter Do you want to set an administrator email address? [y] /y|n/? : n Do you want to run InterProScan using a web interface? [n] /y|n/? : enter

El siguiente mensaje de error se genera ya que las bases de datos mencionadas no son de acceso libre, por ende no vienen incluidas en los archivos de configuración del InterProScan

errormsg: WARNING !! : File /opt/iprscan/data/smart.desc does not exist, skipping!
errormsg: WARNING !! : File /opt/iprscan/data/smart.overlaps does not exist, skipping!
errormsg: WARNING !! : File /opt/iprscan/data/smart.thresholds does not exist, skipping!

Would you like to register InterProScan? [y] /(y|n)/? : n

4. verificar que las bases de datos se encuentren en la carpeta ../iprscan/data

ls /opt/iprscan/data

5. Indexar las bases de datos (aunque este proceso se llevó a cabo automáticamente es necesario ejecutarlo de nuevo para evitar errores)

Ubicados en la carpeta ../iprscan/bin se ejecuta:

./index_data.pl -p ../data -inv -v

./index_data.pl -p ../data -bin -v

6. Una vez se ha terminado la instalación e indexación podemos utilizar el comando suministrado para hacer la respectiva prueba.

/opt/iprscan/bin/iprscan -cli -i /opt/iprscan/test.seq -o /opt/iprscan/test.out -format raw -goterms -iprlookup

Para mas opciones:

./iprscan -cli -h

7. Creación de carpetas de entrada y salida de datos

Se crean las carpetas IN y OUT en la carpeta del InterProScan

8. Ejecutar el InterProScan Parados en la carpeta IN

-cli -i [archivo entrada] -o ../OUT/[archivo salida] -iprlookup -goterms -format raw -seqtype p&