View Category:Bioinformatics -> Linux Commands
df # Espacio de disco
df -h # Entendible para humanos
last #Últimos usuarios logueados en el sistema
ps #Procesos actualmente corriendo
Prueba que la instalación del InterProScan es correcta
./iprscan -cli -i ../test.seq -iprlookup -goterms
/opt/iprscan/bin/meter.pl -j iprscan-20090407-14395356 Mira el avance de los Jobs de Iprscan, al final muestra el nombre de la carpeta Iprscan que se encuentra en los Interpr IPRSCAN QUE SE ENCUENTRA EN LOS TMP DEL INTERPRO
Correr Iprscan
ruta/al/ejecutable/bin/iprscan -cli -i DatosDeEntrada.pep -o carpeta/de/salida/nombre.raw -iprlookup -goterms -format raw -seqtype p&
Subir apache en Mac
sudo /usr/sbin/apachectl restart
Buscar un patrón en un archivo
grep -r ‘patron’ archivo.ext
Contar patrones en un archivo
grep -c ‘patron’ archivo.ext
Extraer Códigos de Enzima el archivo proveniente del Blast2GO
awk ‘{print $2}’ Archivo1.annot > Archivo2.annot
grep ‘EC:’ Archivo.annot |uniq > Archivo3.annot
Correr blast por línea de comando
blastall -p “tipo blast” -i “ArchEntrada” -e1e-5 -d “Database” -o “nomarchivosalida” -v “#” -b “#” -F “T” -m “#”
-p => Tipo de blast = blastx, blastn, blastp, tblastn, tblastx.
-i => Input (Archivo de entrada)
-d => Database
-o => Output (Archivo de salida)
-v => Numero de hits, por defecto 250
-b => Numero de alineamientos por hit, por defecto 250
-F => Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String]
-a => Numero de procesadores
-m => alignment view options:
0 = pairwise,
1 = query-anchored showing identities,
2 = query-anchored no identities,
3 = flat query-anchored, show identities,
4 = flat query-anchored, no identities,
5 = query-anchored no identities and blunt ends,
6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,
7 = XML Blast output,
8 = tabular,
9 = tabular with comment lines
10 = ASN, text
11 = ASN, binary [Integer]
default = 0
range from 0 to 11
EJ: blastall -p blastn -d nr -i myseqs.fasta -e 1e-5 -o royaVspuccinia.bn -v 20 -b 20 -F T -a 2&
Indexar archivos para sacar secuencias
cdbfasta ArchivoConSecuencias.fasta
cdbyank ArchivoConSecuencias.cidx < ArchivoConIdentificadores > ArchivodeSalida.fasta
Comparar dos archivos linea por linea
diff archivo1.ext archivo2.ext
Listar archivos mayores a 100M en la carpeta home
find /home -type f -size +100M
Busca los 10 directorios mas grandes y los ordena por tamaño
du -k /foldername | sort -n | tail -10
Order the file listing by size.
ls -l|sort +4 -nr