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View Category:Bioinformatics -> Linux Commands

df # Espacio de disco
df -h # Entendible para humanos
last #Últimos usuarios logueados en el sistema
ps #Procesos actualmente corriendo

Prueba que la instalación del InterProScan es correcta

./iprscan -cli -i ../test.seq -iprlookup -goterms
/opt/iprscan/bin/meter.pl -j iprscan-20090407-14395356 Mira el avance de los Jobs de Iprscan, al final muestra el nombre de la carpeta Iprscan que se encuentra en los Interpr IPRSCAN QUE SE ENCUENTRA EN LOS TMP DEL INTERPRO

Correr Iprscan

ruta/al/ejecutable/bin/iprscan -cli -i DatosDeEntrada.pep -o carpeta/de/salida/nombre.raw -iprlookup -goterms -format raw -seqtype p&

Subir apache en Mac

sudo /usr/sbin/apachectl restart

Buscar un patrón en un archivo

grep -r ‘patron’ archivo.ext

Contar patrones en un archivo

grep -c ‘patron’ archivo.ext

Extraer Códigos de Enzima el archivo proveniente del Blast2GO

awk ‘{print $2}’ Archivo1.annot > Archivo2.annot
grep ‘EC:’ Archivo.annot |uniq > Archivo3.annot

Correr blast por línea de comando

blastall -p “tipo blast” -i “ArchEntrada” -e1e-5 -d “Database” -o “nomarchivosalida” -v “#” -b “#” -F “T” -m “#”

-p => Tipo de blast = blastx, blastn, blastp, tblastn, tblastx.
-i => Input (Archivo de entrada)
-d => Database
-o => Output (Archivo de salida)
-v => Numero de hits, por defecto 250
-b => Numero de alineamientos por hit, por defecto 250
-F => Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String]
-a => Numero de procesadores
-m => alignment view options: 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing identities, 2 = query-anchored no identities, 3 = flat query-anchored, show identities, 4 = flat query-anchored, no identities, 5 = query-anchored no identities and blunt ends, 6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends, 7 = XML Blast output, 8 = tabular, 9 = tabular with comment lines 10 = ASN, text 11 = ASN, binary [Integer] default = 0 range from 0 to 11

EJ: blastall -p blastn -d nr -i myseqs.fasta -e 1e-5 -o royaVspuccinia.bn -v 20 -b 20 -F T -a 2&

Indexar archivos para sacar secuencias

cdbfasta ArchivoConSecuencias.fasta
cdbyank ArchivoConSecuencias.cidx < ArchivoConIdentificadores > ArchivodeSalida.fasta

Comparar dos archivos linea por linea

diff archivo1.ext archivo2.ext

Listar archivos mayores a 100M en la carpeta home

find /home -type f -size +100M

Busca los 10 directorios mas grandes y los ordena por tamaño

du -k /foldername | sort -n | tail -10

Order the file listing by size.

ls -l|sort +4 -nr